La Bible : Au commencement raconte les 22 premiers chapitres de la Genèse et se divise en trois grandes sections : Adam et Ève, l’Arche de Noé et l’histoire d’Abraham.
Il y a également deux sections plus courtes : la construction de la Tour de Babel, située entre celles de Noé et d’Abraham, et celle de la destruction de Sodome et de Gomorrhe, intégrée dans la section d’Abraham. L’idée générale du film sont les alliances passées entre la divinité et l’humanité (Adam et Ève, Noé, Abraham) et les moments où ces alliances furent rompues (Babel, Sodome et Gomorrhe).
La section d’Adam et Ève commence par la Création. L’histoire d’Adam et Ève est évidemment centrée sur l’épisode du serpent dans le Jardin d’Éden. Elle se termine par le meurtre d’Abel par son frère Caïn, condamné à errer sur la Terre pour le restant de sa vie.
La section sur Noé décrit le patriarche comme un personnage simple vivant avec les animaux dans l’arche pendant le déluge.
L’histoire d’Abraham commence quand Dieu le fait venir en pays de Canaan et lui promet cette terre pour sa descendance. L’action d’Abraham est centrée sur l’attente d’un enfant que Dieu lui a également promis et que Sarah doit enfanter, mais qui se fait attendre. Lorsque Dieu lui demande de sacrifier son fils, il décide de lui obéir, mais le Seigneur arrête son bras au dernier moment.
